Berdasarkan Aspirasi Masyarakat Adat Fakfak, Lambang Daerah Kabupaten Fakfak ditetapkan dengan Peraturan Daerah Kabupaten Fakfak (Perda Nomor 5 Tahun 1975), dan telah mengalami perubahan sesuai dengan Perda Kabupaten Fakfak Nomor 10 Tahun 2008. Perubahan tersebut antara lain gambar buah pala yang ditetapkan dengan peraturan daerah yang pertama perlu diatur kembali sehingga menggambarkan buah pala yang menggantung ke bawah, dengan latar belakang warna merah putih dalam wadah lambang berbentuk perisai bersudut lima. Secara umum makna lambang Kabupaten Fakfak sebagai berikut :

1. Bentuk, warna dan arti Lambang. Wadah lambang berbentuk Perisai bersudut lima, dengan warna dasar merah dan putih.
2. Pada bagian tengah perisai terdapat lukisan buah pala yang sedang merekah. Fuli berwarna merah, biji berwarna hitam, serta mempunyai dua helai daun yang berwarna hijau menghadap ke bawah.
3.  Dasar dari wadah lambang berwarna merah dan putih melambangkan kekokohan dan tekad perjuangan masyarakat Kabupaten Fakfak Provinsi Papua Barat yang gagah berani memperjuangkan terwujudnya kesejahteraan, kemakmuran dan kedamaian dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia.