Sektor perindustrian di Kabupaten Fakfak terfokus pada industri pengolahan yang terdiri dari industri sedang, industri kecil dan kerajinan rumah tangga. Industri di Kabupaten Fakfak yang kelihatan terkonsentrasi pada kegiatan yang mengelola potensi sumber daya alam yang ada di sekeliling penduduk misalnya industri pengolahan ikan dan industri kerajinan rumah tangga berupa anyam-anyaman. Industri yang paling menonjol adalah Industri dalam mengelola buah pala dengan berbagai produk unggulan mulai dari produk bumbu dapur, produk makanan dan minuman yang telah dikemas menjadi oleh-oleh khas Fakfak. Secara keseluruhan industri Pala sudah cukup terkenal

.

Produk olahan buah pala menjadi salah satu industri
di Kabupaten Fakfak

Pada tahun 2017, tercatat bahwa jumlah industri dengan berbagai jenis dan kategori total sebanyak 421 industri dengan tenaga kerja sebanyak 1051 orang. Industri dengan kategori kecil sangat menonjol terutama di bidang usaha logam, mesin dan elektronika termasuk pula banyak tenaga kerja yang terserap di bagian ini. Dalam perkembangannya, industri di Kabupaten Fakfak mengalami pertumbuhan yang sedikit lambat karena banyak industri yang berdiri hanya di konsumsi oleh keperluan lokal di Kabupaten Fakfak.

Jenis Industri menurut unit dan tenaga kerja
Di Kabupaten Fakfak Tahun 2017