Sektor peternakan yang dikembangkan di Kabupaten Fakfak mencakup produksi ternak besar, ternak kecil, dan unggas. Kegiatan peternakan tersebut meliputi peternakan Sapi dan Kambing. Jenis ternak unggas yang dikembangkan meliputi Ayam buras, ayam potong dan ayam petelur.
Kegiatan peternakan yang menonjol berupa peternakan Sapi dipusatkan di wilayah Bomberay dan menjadi komitmen Pemerintah Kabupaten Fakfak dalam mengembangkan Bomberay sebagai Agropolitan. Luas Areal untuk kegiatan peternakan sangat potensial dan populasi ternak Sapi saat ini meningkat dengan penyiapan Ranc-ranc ternak. Sasaran yang ingin dicapai dalam memprioritaskan sektor ini adalah menyediakan pangan hewani seperti daging, susu, dan telur yang bernilai gizi tinggi.
Kebijaksanaan pemerintah di sub sektor peternakan diarahkan untuk membangun dan membina usaha peternakan agar mampu meningkatkan produksi dengan mutu yang baik dan harga yang terjangkau oleh seluruh lapisan masyarakat, serta dapat memperbaiki kesejahteraan peternak, menambah devisa dan memperluas kesempatan kerja. Populasi ternak akhir tahun 2015, capaiannya sama dengan tahun 2014 yang terlihat pada data berikut.

Tabel Produk Peternakan
Di Kabupaten Fakfak Tahun 2016