Kabupaten Fakfak yang merupakan daerah dengan wilayah yang cukup luas dan penyebaran permukiman yang jauh serta tidak merata terutama berada di daerah pesisir pantai, maka dalam rangka memenuhi kebutuhan air bersih penduduknya tentu direncanakan dengan baik, sehingga mampu menjangkau keseluruhan wilayah. Kabupaten Fakfak berada dalam wilayah sungai (WS) Omba yang merupakan WS lintas provinsi terdiri atas daerah aliran sungai Omba, Lengguru, Madefa, Budidi, dan Bomberay. Sedangkan untuk pengembangan Daerah irigasi (DI) yang merupakan bagian dari pengembangan DAS Bomberay. Sistem penyediaan air bersih di Kabupaten Fakfak diarahkan pada meningkatnya pelayanan kebutuhan masyarakat dengan perkiraan kebutuhan air bersih mencapai 26.386 m3/hari atau 26.386.000 L/hari melalui :

• Pengolahan air bersih untuk menghasilkan air minum bagi masyarakat, dengan sistem pengolahan yang tergantung pada mutu air baku.
• Pengembangan jaringan distribusi air bersih, terutama jaringan sekunder yang melayani hingga kawasan permukiman masyarakat.
• Peningkatan kapasitas produksi sumber air bersih eksisting.
• Pengembangan alternatif sumber air bersih baru untuk meningkat kapasitas pelayanan air bersih.
• Pembangunan dan pengoperasian instalasi.

Struktur jaringan air bersih di Kabupaten Fakfak secara umum akan dibagi atas jaringan primer, sekunder dan tersier. Jaringan primer merupakan jaringan utama yang mendistribusikan air bersih ke jaringan sekunder. Jaringan sekunder merupakan jaringan yang mendistribusikan air bersih ke kawasan-kawasan fungsional di Kabupaten Fakfak seperti kawasan permukiman, perdagangan dan jasa, wisata, dan lain-lain. Lebih lanjut di dalam masing-masing kawasan, pendistribusian air bersih dilakukan dengan menggunakan jaringan tersier.

Kebutuhan air bersih tersebut tersebar ke seluruh Distrik yang ada di Kabupaten Fakfak dan umumnya terkonsentrasi di pusat-pusat aktivitas masyarakat. Kebutuhan air bersih tersebut tidak dapat dilayani oleh IPA tunggal yang melayani seluruh Distrik karena tersebarnya pusat-pusat permukiman dan aktivitas masyarakat yang tersebar dengan jarak yang cukup jauh. Rencana penyediaan air bersih di Kabupaten Fakfak dapat dilayani dengan 3 jenis sistem penyediaan air bersih sebagai berikut :

• Rencana Pemenuhan air bersih untuk kawasan perkotaan dengan Sistem Perpipaan Lintas Distrik. Dengan mempertimbangkan bahwa permukiman dan aktivitas masyarakat Kabupaten Fakfak terkonsentrasi di Distrik Fakfak, Ditrik Fakfak Tengah, dan Distrik Fakfak Barat maka sistem penyediaan air untuk ketiga Distrik ini dapat disuplai oleh PDAM Fakfak dengan 2 unit instalasi pengeolahaan atau Water Treatment Plant (WTP) yang berlokasi di Distrik Fakfak dan Fakfak Tengah dengan 5 unit bangunan penangkap air (4 di Distrik Fakfak dan 1 di Distrik Fakfak Tengah). Untuk melayani distribusi, PDAM FAkfak dilengkapi 12 unit reservoir, 9 unit berada di Distrik Fakfak dengan Kapasitas Total 1.000 m3, dan 3 unit di Distrik Fakfak Tengah dengan total kapasitas 200 m3. Dari data tahun 2011 kebutuhan penyediaan air bersih di Kabupaten Fakfak untuk melayani kebutuhan Distrik Fakfak Kota dan Fakfak Tengah, sebesar 1.107 m3/hari atau 1.107.138 ltr/hr.
• Pemenuhan air bersih untuk Ibukota Distrik, dengan Sistem penyediaan air bersih untuk Ibukota Distrik (IKK) yang hanya melayani satu Distrik yang tidak dilayani Sistem Penyediaan Air PDAM Lintas Distrik dengan melayani Distrik secara tunggal dan kampung-kampung yang ada di dekatnya. Sistem ini menggunakan sumber air baku air sungai, air tanah, maupun mata air. Untuk menyalurkan air bersih ke pusat-pusat permukiman dan aktivitas masyarakat digunakan jaringan pipa distribusi air bersih untuk dari lokasi Distrik melalui penyediaan penampungan air.
• Pemenuhan air bersih untuk Kampung-Kampung yang tidak dapat dilayani oleh instalasi PDAM maupun WTP masing-masing ibukota distrik akibat lokasi pelayanan yang jauh, direncanakan melalui :
• WTP Skala Kampung dengan pengolahan air sederhana dan perpipaan dengan luasan terbatas melalui pengolahan air bersih dari sumber mata air maupun air permukaan yang mempunyai kualitas air yang memenuhi syarat.
• Penggunaan air tanah sesuai kebutuhan masing-masing rumah yang terdapat didalam kampung tersebut.
• Sumber air baku dapat diambil dari beberapa sumber berupa air permukaan (sungai, danau), air hujan, mata air dan air tanah.